BOSS 2： 毛毛虫
    战斗要点：毛毛虫的招式比较多，身体一般呈红色，在红色状态下遭受的话，会发动全体攻击，地震波浪，及时躲避不算难。而他旁边的杂兵才是攻击它的主要媒介。那些杂兵会拿出蘑菇或者毒药在手上，如果把蘑菇打到毛毛虫的杯子中被它喝掉，那它便会回复大量HP，如果把毒药打到了杯子里被它喝掉，那么它就会变成虚弱状态，攻击的最佳时机就到了。
打败毛毛虫后，得到闪光碎片2，不过马上就被小库巴抢走了。回到现代与博士对话，得知现在蘑菇城里出现了很多时空隧道，来到中庭，看见小公主在大哭，而两个大臣在千方百计的逗公主笑，使出了浑身解数才把公主逗笑，而大马兄弟却让大臣教他们使用这招，学会了回转后到从2楼图书馆进入时空隧道。

    画面一转来到了过去的耀西岛,在第2个场景的一个房间会遇到新闻记者,记者发现这里一个人影都没有，而由于大人们的体重过大，那个弹簧根本就弹不起来，那当然该小马兄弟上场了，弹上去后发现上面躲着很多耀西，大家都怕得发抖，这时，突然传来了巨大的脚步声，大家都跑开了，出来一看，原来是只巨大的恐龙，而随后也把所有的耀西全都吃进肚子里了。恐龙走后，在另外一个房子里找到了巫师。一直跟着巫师向前走，进入蓝色管道后，发生巫师点燃火焰的情节，之后让小马去上面水源处喝水，从而学会新的技能，喝水后按Y就能将水吐出来，扑灭火焰，继续前进，在云层上有个水源，喝水后对着云层上的机器吐，下面的火焰就灭了，然后去顶一下上面的方块，就可以继续前进了，来到有两个火焰的场景，在左上的铁栅栏处控制小马兄弟进去，喝水后对着通向外面的管道吐水，灭火后让大马兄弟利用回转到高台上去顶击绿色的方块，在右上的场景里，需要先调整管道的位置，对准火焰后，让小马兄弟上天去吐水。通过蓝色方块，进入蓝色管道。在第2场景中需要把大马和小马分开，大马利用旋风过去，而小马利用云层就能通过。下一个场景先让大马兄弟去顶击紫色方块，然后小马兄弟进入栅栏。出来后就有个水源，喝水后到右边把火熄灭，进洞后看见小库巴。小马兄弟趁小库巴在炫耀碎片之时，把他的饼干全都吃完了，巫师让库巴先跑了，自己殿后，于是，战斗开始了。

BOSS 3： 坐着扫帚的巫师
    战斗要点：巫师分身后，只有对真身进行攻击它才会伤血，另外如果把刺球打回去他就会直接费血。一段时间后，他会落地发出火焰只要躲避后就会烧到他自己，然后他会进行冲撞。

    干掉巫师后，前行就会遇见库巴，当大家正在抢夺碎片的时候，却被大恐龙吃进了肚子里。宝宝们弹上去后看见有个耀西在推石头，然而却推不动，现在需要把所有的耀西找来帮忙。这里有5个房间，其中中间的房间是存档用的，我们按从左到右的顺序来一个一个来救耀西，第1个房间中只要打败一个坏蘑菇即可救出，第2个房间，用小马的锤子把墙上的机关打成“蓝、黄”色，然后进入栅栏内，将墙上的所有机关打成和下方牢门上的珠子颜，色一致就能将门打开，然后将蓝耀西救出。右上的房间中只需将小马兄弟弹到上面，掉进中间的坑，敲打墙上的机关即可。最右边的房间控制小马兄弟进去喝水后对着飞碟吐中2次即可破坏飞碟，然后再进去消灭坏蘑菇即可。而最后一个耀西就在中央大厅，先到树洞里取得果实，再出来给躺在地上的耀西吃了后便可。所有耀西的偶救出后，石头也顺利被推动，出去的道路也就被打开了，跟着大家跳下去。

    通过蓝色管道后，看见耀西们都被抓住做成了蛋,下一个场景中需要用大马兄弟把蛋顶上去后用小马兄弟吐水,将蛋大破，两只耀西都被救出后，石头又被推开了，继续前进，在踩下蓝色机关后，见到了公主的跟班，但是他已经失去了记忆，唯一有的就是身上带着的画，非常清楚的画着公主与外星女王达到样子，一路上来，遇见BOSS。

BOSS 4： 貌似青蛙的怪物
    战斗要点：这个BOSS比较简单，只要先攻击蛋，救出5个耀西，那他们就会把石头推下来将BOSS砸翻在地，这时就可以狠狠的攻击BOSS了。耀西岛，马里奥兄弟夺回了两个闪光碎片，同时也得到耀西们的谢意。

    回到现代的蘑菇王国，见了博士后，在中庭学会了变球技能，然后在左上方去变球当齿轮，打开下水道开关，进入下水道后发现有个可疑的红衣人，追踪着来到下水管道里，发现他在里面开了个商店，以后就可以用收集来的豌豆来换饰品了。然后返回蘑菇王国2楼，来到中间的螺旋楼梯，利用变球能力，在限定时间内来到顶层顶击机关，即可把门打开，然后进入隧道，来到过去的沙漠。在第2个场景中踩下蓝色机关，进入堡垒里，却发现这里在紫蘑菇的大本营。。。。大家在逃走的途中遇见了新闻记者，得知外星女王即将来到这里。这时堡垒的大门已经紧闭了，要想打开它就必须将4个雕像下的机关都顶击一下，4个雕像是两两相对的，当你顶了一个后，另一个就会出现时间限制提示，所以，最好的方法就是把小马和大马分开，一边站一对，再顶击，这样就可以了。当中间的蓝色机关冰块溶解后，顶击就可从堡垒上方进入内部。

    来到堡垒内部，而这时，紫蘑菇们正在举行欢迎仪式，欢迎外星女王的到来，而我们的碧奇公主却被丢进了巨大食人花的嘴里。。。先往右边走，这里有个金块MINI游戏，里面的地道也有很多东西，拿光后来到左边，顶开机关后让大马兄弟变成球往前开路，来到下方后顶击管道，4人汇合。在大门右边有个台阶，把小马兄弟扔上去，大马兄弟顶击大方块为小马兄弟照明，顺利走出来后，用锤子打开机关，大门就开了。进去后便来到了会场中间，没办法了，一阵胡闹之后便开始了BOSS战。

BOSS 5： 蓝色坏蘑菇
    战斗要点：这个BOSS就只有两种攻击方式，一个是扔棒棒糖，另一个是吐火球或者蘑菇，不管是哪一种攻击方式都推荐两个键一起按，虽然上屏会显示提示，但是到了后面根本看不过来，并且顺序也有可能不一样。

    干掉BOSS之后，谁知外星女王却使用人海战术将马里奥兄弟打入了地下，在一段暴笑的剧情之后，冒险继续。消灭火焰后，用锤子砸墙，里面能补充道具，而左边的蓝色管道能回到沙漠，我们也不用去，而是应该以下面的蓝色管道为目标出发。一些菱形的断桥可以变球后滚过去，没走多远就看见了新闻记者也被食人花吞进了肚子。来到齿轮机关处，需要将大马兄弟不停的在齿轮处转着，而小马兄弟在上方用水吐，当吐中上面和下面的一样的移动道具时，才算正确，成功3次后道路开启。进入蓝色管道，发现路被堵了，控制小马兄弟到上面去往右走，顶击方块后，控制大马兄弟在限定时间内滚过去顶击出现的紫色方块，来到下一个齿轮的场景后，大马兄弟转动齿轮可以让上面的石板移动，这时需控制宝宝们去顶方块，当3个方块全都顶了后，道路就会出现了。一路前进，终于来到了食人花的房间，当顶了中间的金币后，食人花出现。

BOSS 6： 巨大食人花
    战斗要点：它飞在空中时用跳跃攻击，当它钻地里时用锤子攻击，而它在攻击时，我们需要不停的条，否则会被吸进地嘴里，总的来说很简单。

    干掉BOSS后，得到了一个碎片，也救出了新闻记者，往里走，终于找到了我们可爱的碧奇公主，可谁知。公主的脸被紫蘑菇粘住了。随后大家回到了现在的蘑菇王国，剧情后来到中庭，这次能学会两个新技能哦~谁知小公主被风吹到了上面的小洞里，利用刚才学会的两个技能就能把小公主救出来。向上走，发生了地震，急忙来到2楼公主的房间，发生剧情，然后来到1楼左上，在高台上面把宝宝们用旋风送到右边，进入隧道。第2个场景中利用旋风送宝宝到上面顶开机关，而那个金币只要将宝宝压扁了就能上去取得。在倒数第2个场景，把宝宝压扁了让他们进入小洞里，一路向上看见机关后，用锤子将它敲下，这用大马顶就能不门打开。

    在针刺地带，先用旋风把宝宝送过去，然后大马再自己转过去。在第5个场景中，需要先把宝宝压扁，再用大马旋转外面的齿轮，这样里面的风扇才会吹出更大的风，在上面的云层有个紫色方块，顶击即可打开前进道路，来到下一个场景。利用各种技能取完道具后，进入蓝色管道，来到火山口。发现了公主的王冠，谁知突然火山喷发了，大家跑到右下的研究所，遇见了年轻的博士，大家都在告诉他火山暴发的事，可是他忙着搞实验，根本不理大家，就在这时，火山陨石砸了进来，顿时实验所就燃起了熊熊大火，博士让马里奥兄弟去救火，先用旋风把水闸打开，再用宝宝喝水灭火，剧情后火山口的火已灭，回到山顶，与两块石头战斗。

BOSS 7： 石头怪
    战斗要点：BOSS在战斗一段时间后会分身，出现4个小石头怪，这时要注意的是，真身是两个牙齿一模一样的其中一个，锁定那两个打就行了。
    剧情过后来到了火山内部，针刺地带需要用旋风把宝宝们送飞起来，到旋风上加大力度，之后顺着金币的路线，安全着地。来到一个有大炮的房间，不宝宝压扁了进入左边的小洞，发生***剧情后，控制大马兄弟变球进入炮筒。***如果中了3个星星就能得到一个豌豆。之后坐上灰石头，掉到下一层。先到右边拿金币，然后向左走，然后会遇见以前那种用小马兄弟控制砖块方向的迷题，往左下走是一些道具，右下是前进的路，之后又是利用滑翔技能的地方，然后再坐着石头掉到下一层。往右进行MINI游戏，必须取得30个以上的钻石才能过关，然后回到灰石头处下到最下层，便是与库巴之战了。