《孤岛危机》的背景发生在一架来自外星的太空舰在北朝鲜附近的小岛上给发现，玩家扮演三角洲特种部队中暴龙小队的成员──诺曼（Nomad）进行搜索和撤离的任务。暴龙小队的队员具有一件生化纳米装（Nano Muscle Suit），纳米装具备了多种未来的武器及装备，这套纳米装含有多种高科技功能，这套纳米装的灵感来自美国的未来战士2020计划。在游戏中，玩家的战斗对象包括北朝鲜军人和外星人，战斗发生在四个场景──热带丛林小岛、美军航空母舰、冰冻球体（Ice Sphere）和外星来的太空舰。

2010年发行的《孤岛危机2》，发生在一代游戏的三年后，纽约市正受到看起来独特又令人惊恐的外星生物攻击，它们具备致命的武器、惊人的感知能力与智慧，而这群不速之客试图彻底毁灭及占据地球上的一切，人类的薄弱的力量丝毫无法抵抗这群入侵者。

唯有主角，掌握了让人类生存下去的先进科技：第二代纳米生化装“Nanosuit 2”，再加上精锐的战术布署，强大的火力支持，让主角能够击退外星人，成为拯救这个世界的英雄。玩家在游戏中将被废墟所围绕，必须善加评估他们所面临的的状况、来适应这个都市丛林，并且善用武器与力量来拯救纽约市。

外星人在地球上的大片区域挑起了战争，里约热内卢、伦敦、东京、纽约都遭到攻击，人口锐减。外星人向城市发射探测器，玩家将会看到像陨石坠落到地面一样给周围造成巨大弹坑，并且还有外形飞船在空中进行巡逻。

纽约这座“城市丛林”已经沦陷，城市已经变得支离破碎，街道看上去被摧毁殆尽。在这个大都市的残垣断瓦之中，只有一位身穿最新纳米战斗服的超级士兵，才能阻止这场针对人类世界的巨大威胁，玩家们要做的就是抵抗外星入侵者。

明年2月将上市的《孤岛危机3》延续2代的故事，继续在纽约市中抵抗外星人入侵，但沙盒的设计将会回归，同时玩家可进行支线任务，几张泄露的截图显示在覆盖纽约穹顶之外将是一片冰雪世界，让人无限遐想。