《生化奇兵》初代剧情

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天堂不再                                         {c11}
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              "My city was betrayed by the weak..."
                              
                            - Andrew Ryan

随着内战的继续，对Adam的需求大大超过了它的产量。冲突的双方都没有足够的Adam来帮助自己的战士治疗由Adam本身带来的不可避免的损伤。结果 是，Ryan的部下经受着肉体和精神上双重伤害，导致了大面积的犯罪行为以及遍及整个Rapture的精神错乱。“修补者”们开始戴上Kashmir酒店 里新年夜被丢下的兔子面具，以便遮盖他们畸形的面部。Atlas的队伍则经受着跟深的痛苦，因为他们不再控制Fontaine未来实验室，于是也不再有小 妹妹来提供Adam。Peach Wilkins和他的部下把自己锁在Fontaine渔业的冷冻库里，使自己免遭Ryan和Fontaine的伤害，因为在Wilkins看 来，Fontaine仍然健在。

因为Atlas的“修补者”例行公事般的扫荡着城市的各个机关，导致没有几个机关部门还在工作，城市渐渐瘫痪了。没有人来修补，城市开始大面积的漏水。 McDonagh请求Ryan把Fontaine未来实验室还给Atlas，作为一个和解的手段。但是Ryan无视他的请求，继续用更多更狠的质粒装备他 的军队。这场军备竞赛，在大家看来，Atlas要输了。

这时出现了很多暗杀者想除掉Ryan。

McDonagh发誓要杀掉Ryan从而将Rapture从Ryan设定的毁灭之路上挽救回来。他失败了，被烧死并被钉在了Ryan为“怀疑者”所建立的恐怖的战利品室里。

Anya Andersdotter，一位女鞋设计师，和Mariska Lutz一样被Ryan工业的人掳走了自己的女儿，决定要暗杀Ryan。既失去了女儿又失去了对Ryan和Rapture所有的信心，她已经没有什么可以再失去的了。

同时，Kyburz，一位Hephaestus的高级工程师，也计划着杀掉Ryan。他通过长时间的监视发现Ryan将自己锁在自己的办公室里，而办公室 外由“修补者”把守。Kyburz觉得唯一可以接近Ryan的方法就是引发Ryan防护门上的电缆断路，而这个可以通过EMP炸弹实现。

Andersdotter用了三周的时间色诱了一个工程师，她发现要找到Ryan，必须要使三号共振核超载。于是她来到了Lower Heat Loss Monitoring想获取更多的信息。通过一个叫Pablo Navarro的工程师，她来到了Kyburz的工具店。这时的Kyburz正为他即将完成的炸弹而变得神经兮兮，以至于认为她是Ryan派来监视他的。 于是Kyburz向上反映她是Atlas的人。Ryan的"修补者"将Andersdotter拖了出去并把她的尸体挂在了Ryan的战利品室，就在 McDonagh的对面。不幸的是，在炸弹完成之前，Kyburz也被杀了。

想要暗杀Ryan的人无一例外的失败了，一些被Ryan的防卫设施挡住了，一些则死于自相残杀。对Atlas来说，前途黯淡无光。于是他开始着手安排Jack Ryan的回归。