タンバシティ湛蓝市  
湛蓝市新增了捕捉场，不过目前扔在施工中。然后水君同学也潜伏在这里，刚想和它打个招呼就逃跑了……然后米那君出现了，他怪我们吓跑了水君，于是战斗在所难免。
米那君，注意他的顽皮弹会闪电，很痛。
LV25 素利普
LV27 顽皮弹（会闪电）
LV25 鬼斯通
别忘了正事，在精灵中心的左边药店取得了治疗电龙用的药。然后顺便把这里的道馆挑战一下吧，湛蓝市的道馆属性是格斗系。这里的道馆馆主在冲凉……呃，是修行，你需要冲到上面把水龙头关掉，就可以挑战他了。2只物攻很高的PM，小心对付快泳蛙的催眠+气合拳。胜利后获得徽章和TM01气合拳。
馆主シジマ四岛
LV29火爆猴
LV31快泳蛙
战胜他后，出会馆门，一位夫人上前，感谢你教训了他丈夫，也就是四岛馆主那个战斗狂一顿，将HM02飞天送给了你。

アサギシティ浅葱市
回到浅葱灯塔，这次直接坐电梯上去就行了，治好了灯塔的电龙（还真是光芒四射……），馆主蜜柑也回到了道馆，可以去挑战她了。出灯塔的时候接到了狩猎区老伯的电话，得知湛蓝市的狩猎区开放了，可以去逛逛。浅葱市的道馆没有机关，也只有馆主1人。对战比较简单。战胜后获得徽章及TM23钢铁尾巴。
馆主ミカン蜜柑
LV30小磁怪
LV35钢蛇
LV30小磁怪

42号道路
返回圆珠市，这次走右边的道路进入42号道路，顺路可以捡到影子爪的TM。洞中钻出个大叔塞给主角HM04怪力。向右前进，路上又看到水君同志，还是打个招呼就跑……然后米那君又后知后觉的赶到……沿路战胜几个训练师后抵达乔基镇。

チョウジタウン乔基镇
道馆被个死胖子挡住了，说有什么黑披风的怪家伙出没。看来暂时挑战不能，向上走去当地名胜愤怒湖转转吧。

43号道路
火箭队的白痴们居然设路卡收费，一次就是1000块啊……一群混蛋，不过不愿意交钱的话可以走草地。

かりのみずうみ愤怒湖
通过来到愤怒湖，这里有不少训练员，湖里的地图和旧版有些变化，需要绕绕。仔细看看，哇塞，湖中那个好闪的家伙是嘛？靠，是闪光的鲤鱼龙耶～赶快收服。当然你打算干掉他也没人反对……解决掉后获得红鳞片一块，可以拿去最开始见大木博士的房子那换取学习装置。回到右下岸边，看到那个黑披风男人，居然带着只快龙。他认为湖中之所以会出现闪光鲤鱼龙，是因为有人在捣鬼，想借助你的力量来查明这一切，并约好在乔基镇见面。

チョウジタウン乔基镇
返回乔基镇，在那个用树伪装的天线旁边的屋子里找到黑披风男，原来这里是火箭队的秘密基地，湖中之所以会出现变异的鲤鱼龙，是因为这里发出的奇怪信号所致。（这啥信号，告诉我吧，省得我天天用雷达连锁去）进入火箭队的秘密基地，这里的监视很严密，每次通过猫老大雕像都会引来巡逻人员2个，很是麻烦。棋盘阵那里每走几步都会出来会自爆的小拳石、瓦斯弹和雷电球，不过都是野生的，逃跑即可。走过去后的黄色传送点是回出口的，走左侧的楼梯下2楼，黑披风男也就是渡已经在这里等着你了，并且帮你恢复了精灵。继续前进到3楼，和渡对话得知火箭队现在将门全都锁起来了，需要拿到密码才能开启去BOSS房间的门，将此层的2个女性火箭队员战胜后对话即可获得2个密码。从右上的楼梯返回2楼，继续深入，在BOSS房间门口遇到对手红发男，一顿挑衅后他闪人了。用2个密码打开大门，进入BOSS的房间，靠这不是坂木么……当然不可能，其实是一名叫ラムダ的干部假扮的，打败他吧。
ラムダ
LV22超音蝠
LV23瓦斯弹
LV24拉达
打败他后，他养的黑暗鸦告诉主角其他门的密码。跟着黑暗鸦一路小跑，来到奇怪装置的门口，此时出现火箭队干部アテナ和小杂兵一名，不要怕，因为渡也会来帮忙。终于和渡组队了，泪流满面啊。在渡同学40级肥大（误）的威力下轻松打发掉2名火箭队的同学。解决后火箭队全员撤退，这里面的装置看来就是发射奇怪电波的机器，和渡分头解决6只供电的顽皮弹后搞定。（话说这装置能打包带走么……）作为感谢渡送给了我们HM05漩涡。

解决掉火箭队后就可以去挑战道馆了，这里道馆是冰属性的。机关是靠推冰块外加滑行前进，推错了话，重进房间即可更新。第一个房间直接走，第二个房间从左边走把左边的冰块推到右边后向上走，第三个房间先将左边的冰块向右推，然后按上右下左上右上右上左上的顺序即可到馆主前。战胜后获得徽章及TM07冰雹。
馆主ヤナギ古柳
LV30小海狮
LV32白海狮
LV34长毛猪
刚出会馆门就接到空木博士的电话，说是小金市的广播台被火箭队入侵了，赶紧去看看吧。

コガネシティ小金市
这里的街道已经被火箭队封锁了，不能走正门进入广播台，去地下通道看看，这里有个家伙会给你化妆成火箭队成员的模样，于是这样就可以混入广播台了。不过在就要成功的一刻，对手红发男突然跑来，认出了主角……看来只好把看门的火箭队成员干掉了。爬到顶层找到台长，可惜不是真的，还是地下基地那个ラムダ假扮的，他的水平还是和以前一样的菜，击败后获得地下通道的钥匙，真正的局长被关在那里。
再次进入地下通道见到舞姬小姐，继续前进用钥匙开门进入地下室。刚进去，对手红发男追了上来，这次看来是要开打了。
对手
LV30大嘴蝠
LV32纽拉
LV32主角精灵最终进化型
LV28小磁怪
LV30鬼斯通
战胜对手后，按照蓝红绿的顺序调查机关即可打开大门进百货大楼地下仓库，这里关着真正的局长，解救他后获得钥匙卡。返回广播台3楼用钥匙卡开门上楼，路上要分别跟火箭队的另外2名干部ランス和アテナ战斗，之后坐电梯到BOSS的房间。终于要面对火箭队的幕后老大アポロ了。长的好像银河团老大……难道是他弟么……
火箭队BOSS
LV35戴卢比
LV35瓦斯弹
LV38地狱犬
一番恶战后老大终于撤退了，这时局长出来感谢我们的英勇行为，并将にじいろのはね七彩羽毛送给了主角，有了这个就可以去铃塔召唤凤凰了。

44号道路
返回乔基镇后就可以向右前进来到44号道路了，通过后进入冰之通路。

こおりのぬけみち冰之通路
这里又有人给拍照了……不知道干什么用的。这里的谜题比较麻烦，第一个冰面的走法是上左上左下左上右。之后的冰面是右上左下左上右，取得HM07攀瀑布。拿到后进入2楼，这里的谜题和老版一样，将石头推到洞里。之后下到3楼，从梯子那个地面左上角往下数第2格的地方开始，按左下左上右的走法即可抵达楼梯。之后上楼，某个精灵球的拿法是要先从上面通过后，再把石头往回推。之后的冰面又遇到舞姬小姐，然后就出洞了，来到烟墨市。

フスベシティ烟墨市
直接去挑战道馆吧，这里的属性是龙属性，进道馆后会有工作人员让你把随身的PM收起来，因为这家道馆曾经出过联盟冠军。（他居然叫我未来的冠军，有眼力）这里的机关是踩地板转台子，红色是移动台子，蓝色是旋转，当然旋转要有地方才能旋转，所以请先踩红色移动到空地在旋转台子。馆主的海马龙相当难对付，请准备好大量补给。顺便说一句馆主是渡的表妹……战胜后，伊吹认为你还要经过试炼才能进入精灵联盟，所以并没有将徽章交给你。
馆主イブキ伊吹
LV38鲤鱼龙
LV41海马龙
LV38哈克龙
LV38哈克龙

りゅうのあな龙之穴
出了道馆后，乘浪进入其后方的龙之穴，利用漩涡进入深处的小屋，在这里要接受长老的问题考验。
问：PM对你来说是什么
1.同伴 2.手下 3.朋友
问：你认为取得战斗胜利的关键是什么
1.战术 2.育成 3.作弊
问：你想要和什么样的训练师对战
1.弱小的 2.强大的 3.随便
问：你认为在育成中最重要的是什么
1.爱 2.暴力 3.知识
问：强的和弱的PM哪方更重要
1.强的 2.两方 3.弱的
我的选择是12332，之后伊吹出现，给你徽章，出口处又给你TM59龙之波动。出了龙穴接到空木博士的电话，说有好东西要给你。

ワカバタウン若叶镇
回到若叶镇，博士送了个大师球。（乃还真是好人啊）现在就可以从若叶镇向右进发去精灵联盟了。不过出发前另一主角告知舞姬小姐在圆珠市等你。

エンジュシティ圆珠市

来到圆珠市舞场，又看到对手红发男，没几句好话就闪了。进去舞场，5姐妹终于登场了，她们会询问你是否做好准备。回答是的话，则要先和她们5人大战一番，（不要想歪）对手是38级的五色伊布。全部战胜后获得铃铛，然后一小萝莉跑进来告诉主角和舞女有巨大的精灵在铃塔的塔顶（银魂则是漩涡列岛的瀑布）。于是舞女姐姐让主角赶快去铃塔。

以下内容为金心版专属
スズのとう铃之塔
给看门的和尚展示过全套徽章后，他放心的让主角进入了塔内。塔里的机关前几层还和老版一样是跳台，并不难解决。后面则增加了传送机关，还蛮有难度的。终于爬到塔顶后，看到舞姬5姐妹都在这里等着你了，5人通过舞蹈和铃铛的光辉，将凤凰召唤出来了。(比老板帅多了！赞！)剩下的就是主角的活了，想抓向虐随你便。(战斗BGM不错)
金心版剧情结束

以下内容为银魂版专属
うずまきじま漩涡列岛
从浅葱市来到漩涡列岛，从右上的那个岛进入。然后选择上方的分叉道路，在尽头处遇到个和尚，向他出示银羽毛，就会让主角进去进入最深处洞穴，5个歌姬开始跳舞，海浪开始翻滚，然后路基亚从瀑布中冲出来。剩下的就是主角的活了，想抓向虐随你便。
银魂版剧情结束