和上作一样，首先去把万年虫拼图拼了，关键是要点石板旋转，不行的话多点几次。

然后叹号，掉下去（还是怨念主角干嘛无论多高的地方都掉不死……），掉到遗迹右上，研究者A（名字都没的NPC）叹号了下，说是玩家竟然把拼图拼回1500年前的样子了，给了玩家一个未知图腾图鉴，才一页7栏，给完了后走了。
然后开始抓PM……用快速球100%GET……
抓到的是I、D、G、A、J、F、B
顺序和GET顺序一样，注意，只是看到没用，要GET……
然后乘浪到下面的洞，把化石飞龙的也拼好，叹号，掉下去，开始抓，未知图腾图鉴竟然自动多了7栏……
抓到的是T、C、S、H、U、E、R
然后回到上面，和房子里的研究者B……就是中间那个，给了你个未知图腾图鉴增强，其实就是在最底下多了页而已……其实是介绍，开一个石版多一页介绍，共6页，每抓到相同石板的7只会更新一页，内容越来越明朗化。
然后，到呆兽井右边那啥山洞，拼出菊石兽。
抓到的是Q、V、K、L、O、N、M
同样方法进第4个洞拼出HO-OH
抓到Z、X、W、P（其实之前把R错认成P，如果最后不是出P的话就不知道哪出的了 - -）
和研究者B说话，他会把你的未知图腾图鉴按顺序弄齐，把介绍更新，右边的研究者C会祝贺你获得图鉴，没东西给 - -
暂时未研究出！和？的GET法
为了大众需要更新名称为未知图腾 =  =

在万年虫拼图的洞里最上面的中间使用穿洞绳会出现个隐藏门，进去得到3、4号果子、苦力粉末和治疗粉末，前面有个洞，掉进去发现个奇怪的房间，用未知图腾的字体写着“WATASHITACHI ICHISOKU KOTOBA KOKONI KISAMU”（私たち　一族　言葉　ここに　刻む
我们 一族 语言 刻于 此）
　　在化石飞龙拼图的洞写着“HIKARI”的地方使用闪光，进去得到10号果子、月石、活力根和治疗粉末，前面的洞里面写着“WATASHITACHI SOTONO POKEMON SOU TSUKURU （私たち　外の　ポケモン　そう　作る
我们 外面的 宠物小精灵 这样 制作）”
　　在菊石兽拼图的洞写着“MIZU”的地方
带着凤凰（不需要放在头）到在凤凰拼图的洞写着“HOUOU”的地方调查，进去得到6号果子、命玉、复活草和木炭，里面的洞写着“WATASHITACHI NINGEN KARERATO TOMONI AYUMU KOTO HITSUYOU KARERANO TAMENI WATASHITACHI TABIDATSU”（私たち　人間　彼らと　共に　歩むこと必要　彼らのために　私たち 旅立つ
我们 人类 要 和他们一起走 为了他们 我们 启程[喂喂完全没助词啊……]）
　　然后，到菊石兽拼图的洞里写着“MIZU”的地方使用水石，进去后得到06果子、神秘水滴、星星碎片和星砂，里面的洞写着“KARERA ISHIKI SACCHISURU CHIKARA ARI SOTO KOBAMU（彼ら　意識　察知する　力　あり　外　拒む
他们 有 察觉 意识 的能力 外界 拒绝）”（特别鸣谢花龙的TIPS~）

看起来，第2条就是和创世神有关，然后DPt神兽GET法证明了这一点。

然后，和研究者B对话，得到2次未知图腾图鉴的升级（应该开启4个秘密洞口才得到这2次升级）。然后回到遗迹第一层（就是最初也能进去的入口）最上面，发现有个石板颜色不一样，调查之，研究者B突然冲进来，说这墙上的文字有新发现。写着“NAKAMATACHI WARERA MIAGE SYUKUFUKU SURU(仲間たち　吾等　見上げ　祝福　する
伙伴 我们 仰望 祝福 )”。然后，图鉴又一次更新 =  =

然后回到遗迹第一层，“！”和“？”出现，GET之，回去找研究者B，图鉴更新（看来是最后的一次更新了……）。其实内容大概就是PM和人类关系密切，在远古时代人类发现未知图腾，然后人类和PM也不断在改变，一起生活啥的……