2000年12月14日发售,售价3800日元
　　的发售代表着老任"三矿"冷饭计划的开始.....本作只对应GBC.而且在精灵出场时会有动作，黄金城与电系道馆所在地地图有变化和剧情增加了水君的特殊剧情，总的来说是款较满意的冷饭作品。

日文名称：ポケットモンスター クリスタルバージョン
　　Game Boy Color专用，黑白机会显示请使用Game Boy Color
　　游戏中首次可以自由选择男、女主角。
　　增加捕捉神奇宝贝编号No.245水君的剧情。捕捉No.249露基亚（大陆译为露基亚，港译为露基亚）、No.250凤王的方法也有所变动。当然，神奇宝贝出现率也有少许更动。
增加了“电台问答节目”，玩家可以参加问答获取积分，换领奖品。
　　增加了网上通讯机能（需借由GAME BOY零售附件“Mobile Adapter”实现联网），通过新设之“PCC”（Pokémon Communication Center）网上通信交换、参加抽奖活动（可能被抽中获得一个神奇宝贝蛋，或是获得得到No.251雪拉比的GS Ball），或是通过“对战塔”与网上其他玩家竞技。（该网上服务已于2003年停止）。
　　增加了精灵的动作
海外情况
　　海外版并无联网机能，因此“PCC”、GS Ball等也被取消，“对战塔”也被更改成与电脑对手的对战。