在成功推出一代后，由于玩家的良好反响，因此有了可以用八个字来形容的续作：
乘胜追击，瑕不掩玉

距离一代发行时隔一年后的99年2月，《三国群英传Ⅱ》正式对外销售。本作秉承了一代的优点并对各大因素进行了大幅强化，获得了玩家的大力推崇。

增加武将数量、新添城镇、扩充地图、加入新的武将技、优化画面和音乐，二代在很多细节都做出了改进，而本作中的重点是将对战双方的数量扩大了一倍，成为200人VS200人的宏大战争场景。同时，前作中兵种设定的平衡性问题也得以一定程度的改善。由于增加了军师技，文官的自身价值也获得了更大体现。

另一方面，二代改变了前作中武将册封的升级模式，重新改为根据等级学习新技能，而所学技能的数量则凭借武力和智力等自身因素加以控制。随着等级的提升，每位武将可掌握不同的技能并更换丰富的武器装备。更为有趣的是，经验值的多少与对战的强弱对比、战斗的实际效果等因素均有密切的联系。倘若能够直接将敌军打下马，则可以获得额外的经验值。与RPG的计算方式相同，如果整个兵团取胜，该兵团中未出战的武将也能获得少许经验值。同时，每个武将所能掌握的技能也都不再一致，且随着等级提高，还能更换不同的武器。

二代中有一点褒贬不一的独特要素：疲劳度。武将在参加战斗时会增加疲劳感，当疲劳度达到60以上时便会自动降低武将的士气，而其士气值会影响武将的战斗力，当士气低于50后，在战场上就会出现士兵开小差的现象。令人诟病的是，疲劳度的设置相对较为复杂，在城内休息时，武将恢复的速率与太守的智力息息相关，而通过休息并不能增加武将所带的兵种和数量。反之，随着疲劳度的增加，武将的忠诚度则会逐渐减少。由于该系统过于繁琐，破坏了流畅的游戏进程，因此在此后的几作中均不再出现类似的设定。

当然，瑕不掩玉，《三国群英传Ⅱ》荣获了2000年**最佳国产战争游戏奖，同时也被很多老玩家珍藏至今。