官方的资料公布为：本作的时间被设定在2047年，故事依旧围绕着泰伯利亚，一种繁殖能力极强的外来物质。GDI为了终止由泰伯利亚所引发的无休止的战争而决定阻止这种如病毒一样的矿产在全球的泛滥，但邪恶贪婪的军事团体诺德兄弟会(Brotherhood of Nod)则希望借助泰伯利亚的能量来控制地球，GDI和NOD不可避免地再次发生了战争。人类最后的敌人将是泰伯利亚矿的始作俑者——“上帝”本身！人类将接受这一最后的审判，而这场史诗般的战争也将被称为"泰伯利亚之战"

以下就是最近互联网上流传的剧情概要，真实度就靠玩家自己判断吧：泰博利亚这种可以自我繁殖的外星矿产已经入侵了地球，并象冰河世纪的冰川一样迅速的蔓延开来。GDI一直都致力于控制泰博利亚矿的蔓延，而NOD兄弟会却有自己的计划。早期EA曾经提过有第三方势力，但没有具体说明，而现在可以确定第三方势力是使用泰博利亚矿攻击地球的外星人。你可以在单人游戏里使用这新的势力，尽管它的流程比GDI和NOD的短,GDI和NOD各有35个任务，而外星人只有15个。