1990年，在无数玩家千呼万唤的企盼声中，任氏家族的二代目超级任天堂（SFC）终于粉墨登场。尽管是刚刚上市，SFC却带着当仁不让，舍我其谁的王者气质。仅用两年时间，就以大量优秀的软件把它所有的竞争者都赶进了墓地。而作为任天堂忠心耿耿第二方的Intelligent Systems会社自然也不甘沉寂。除了协助上层部门——横井军平所管辖的R&D1完成了《超级银河战士》等作品外，Intelligent Systems会社最大的项目，就是投入在对应SFC的《火焰之纹章 纹章之谜》的新作之上。

　　吸取了外传的教训，制作小组没有对作品系统进行特别激进的改变。甚至连原创题材也未曾采用，而是在第一作的基础上进行了强化式的延伸与发展，整个作品被分为上下两部（暗黑战争篇、英雄战争篇），上篇20章以第一作25章的压缩内容为主体，描述了阿利提亚王子马尔斯为反对暗黑龙复活起兵征战整个阿卡内亚大陆的壮丽篇章。而下篇22章则是前篇延续，讲述了在暗黑战争中曾与马尔斯王子合作抗战的草原之国王哈丁在登基成为阿卡内亚圣王国后，他的妻子——阿卡内亚公主妮娜并非真正爱着自己，而是对身份神秘的黑骑士卡缪充满了思念。被嫉妒与苦闷占据了心灵的哈丁被前作中邪恶的大祭司加尼弗利用，发动了与大陆诸王国之间“英雄战争”的故事。全篇在全新的界面与系统上完成了对FC第一作在各方面的补完，除了作品的画面、动感、音效等系统设计之外，职业、武器、道具、作战任务乃至各个角色不同作战性能和剧情对白上也都做了相应的强化，令作品表述更为紧凑、华丽、充满了戏剧性和感染力。 　　**昭三在本作中最大程度地发挥了自己撰写剧本和导演剧作的超凡能力，他对于古代各民族起源与在封建制度下所形成的社会体系、社会思想与社会人文等知识的研究颇为深刻，这为他给作品构筑庞大而深邃的背景打下了坚实的文化基础。无论是龙人族的最初演变还是人类社会的起源发展，他都将之演绎得浅显细致，通俗易懂；他并非能将精力平均且完全地分布给每一个笔下的角色，但却善于以堪寥寥的篇幅让所描述之人物的性格活灵活现，跃然纸上；他所叙述的故事情节将战争与爱情有机地融合在一起，环环相套丝丝入扣，将真挚的情感表露置于庞大的战争画卷中去。显示出娴熟的导演技巧和精妙的剧作安排。篇中的悲剧女性妮娜公主为能实现复国之愿甘愿接受月之女神阿尔特弥斯的命运，在实现愿望的同时令她失去了自己所爱和深爱自己的人，并直接导致昔日战友反目成仇的英雄战争，最终在***中走完了人生之路。作品以细腻的情怀，幽怨的表述将这位传统的王族女性悲伤的、无力与世俗抗衡的一生表述得淋漓尽致，不仅震撼了所有《纹章》FANS的心，也令许多从未接触过“《FE》系列”的新玩家们感受到了巨大的心灵冲击。该作发售后很快突破了60万套（最终销量约78万套），成为当时“《FE》系列”中销量最高的作品。日本权威游戏杂志FAMI通主编浜村弘一丝毫不吝“史诗”、“完美”等赞美之辞。一些游戏杂志编辑与核心玩家于本作发行后甚至自发组织起了所谓的“FE教”，以显示对FE无上的执着与忠诚。**昭三也在经历短暂挫折后成为游戏界的焦点，并荣幸地成为可获得与任天堂老板山内溥对酌小饮之殊荣的少数制作人之一。《纹章之谜》也许并非**昭三制作能力最高体现的代表，但确实是让他本人走上人生最高峰的作品。在此后，《火焰之纹章》的声名在S·RPG界如同金字塔顶端一般至高无上，被日本业界诸厂商称为“不可逾越的山峰”。