接下来回到紫宛市，在幽灵塔的顶层入口再次遇到那只神秘的妖怪，是可拉可拉的母亲嘎蜡嘎拉（捕捉不能），打败她之后她安心地升天了，来到顶层救出富士老人（又是火箭队搞鬼）打败它之后来到顶层救出富士老人，将妖怪魔笛送给主角，这下就可以收复拦在到路中间的卡比兽了，再次来到玉虫市，往左边走，在卡比兽的身边使用妖怪魔笛，将其召唤对战（我把两只都收了，真的不错啊！右边的那只下面的房子的主人送终极钓竿）将卡比兽的上方树木砍掉，来到最左边的屋里，和一个女的对话会得到 02 号特技飞行，用自行车通过下面的路，来到石竹市， PC 屋左边的房子里的老人是著名的忘却爷爷，可以帮忙忘记招数，包括密传机器，在 PC 屋的右边的屋里和老爷爷（狩猎区的负责人）对话，答应他帮忙寻找丢失在狩猎区的金牙，去狩猎区，在最深处找到金牙，在旁边的房子内还可以得到 03 特技冲浪，带着东东回到了爷爷的家里，老爷爷将 04 号特技怪力送给了我，爷爷右边边的房子里的人还会送好钓钓竿之后来到阿诘把守的道馆内向他挑战，胜利后得到爱心徽章。

使用飞行特技，来到玉虫市，出城往右走，经过一个大门，和忠于职守但口渴的门卫对话后，把茶送给了他，于是他感激地让我通过并把胜下的茶分给其它 3 个门卫，来到山吹市，

来到希鲁佛总部大楼，来到五楼的下方找到开门所需要的钥匙卡，在九楼的女社员会帮忙回复 PM 的战斗力，通过这一层左上的传送点，再踏上右边的传送点，来到七楼，和小茂对战，和旁边的一个人对话，他送我一只在实验室养大的乘龙（蛮好用）之后踏上传送点，来到顶楼找到火箭队的老大，将其击败后，成功救出希鲁佛公司的老板，他送我一个大师球，出了大楼往上走，来到左边的妖怪道馆，打败所有人后馆主送我一只妖怪，二选一（左沙瓦郎，右艾比郎 , 沙瓦郎普攻要稍微高些，艾比郎防御要好点，选一个吧）接下来是山吹市正式的道馆，通往馆主的传送装置在左上的左下，击败馆主后，将其得到黄金徽章。

现在再回石竹市，向南走，经过一段距离冲浪以后来到双子岛，里面有几块石头需要推到河里将水堵住，这样才可以前行，在最深处有一只冰鸟，从另一个洞口出来，继续向左走，（或者从老家向下）就会来到红莲岛，

这里有个妖怪化石研究所（月亮山洞的化石和日比市博物馆得到的神秘琥珀放在这）来到道馆门前，发现门被锁了，钥匙被藏在左边的废弃大楼，（超梦的诞生地，桌上日记的内容就是记载捕捉梦幻、培育超梦和超梦不受控制的内容）在最深处找到钥匙，然后来到道馆面前将门打开，道馆里每个人旁边都有一台问题机，调查后可以回答问题（具体问题内容和答案见攻略最后），回答出来可以直接往下走，回答错误则开打，直接和人对话也可以开打，进入击败馆主后得到火焰徽章，出道馆大门就被正树叫住，然后被带到一艘船（选否则他会在 PC 里等待，再和他对话即可走了，由于进岛开始不能用电脑，去换好 PM 先），然后来到一个新地方（桔子群岛）

出了码头，来到 PC 屋里，得知现在电脑故障要找两宝石，来到这个岛的北部，发现一个温泉山洞，和上方的一个老大爷对话还可以得到 06 号特技碎石，出了山洞后继续往北面走，经过一段水路之后来到一座山面前，在山顶上遇到传说中的三神鸟之一的火鸟（神鸟不错，可作收藏，但需要把它打成红血再异常状态后才比较容易抓，如果没有理想的应付 PM 的话以后也可以再来）之后回到码头，这时候可以去二号岛屿，

在游戏中心对话后，决定帮忙寻找他们家的小女孩，在小岛山顶有个屋子里的人可以教你的主角 PM 隐藏的必杀技，继续座快艇来到三号小岛，（这儿的电脑是和关东的连网的，所以能用）来到后和挡路的飞车党对战，战后某人送了个恢复药作为感谢，最后在树果森林的最深处找到采树果的小女孩，突然跳出素利拍，原来小女孩被他催眠了，胜利后小女孩也回到了家里来到一号小岛，被人送回红莲岛，利用飞行特技来到常盘市，

先前关闭的道馆大门现在已经打开，馆主正是火箭队老大！这次他作为道馆馆主和我进行对决，将其击败后，他去修炼了 …… ，将其击败后得到羽毛徽章。接下来就是去冠军道路挑战四大天王！

隐藏关
    通关以后读取存盘，博士将我带到研究所里将妖怪图鉴升级为 386 图鉴（需要妖怪捕获数在 60 只以上）之后来到枯叶市的码头，坐船回到一号小岛，和 PC 屋右边的那个博士谈话之后他把船票和地图升级，然后往北走，来到捉火鸟的山脚下，上了台级往右走，在尽头发现两个火箭队的成员守在一个山洞口，和他们对战后，进入山洞，在最深处找到了一块红宝石，出了山洞，回到一号岛屿的 PC 屋里，将刚才在山洞得到的红宝石交给右边的博士，出了 PC 屋，来到码头，现在以经可以坐船去四号小岛。
    来到四号小岛，（冰天王康娜的老家），发现了一个妖怪饲养屋，现在才可以让妖怪生蛋，另外还在一个居民家里得到进入训练员塔的通行证，从四号岛屿上右边的小水塘里游过去，来到了一个冰冻的瀑布里，进入瀑布左边的洞里，在里面找到 07 号特技攀登，攀上那条瀑布了，在山洞里面遇到了冰天王，她正在训斥一群火箭队员，我见到这个欺负火箭队员的好机会当然不会放过了，和冰天王一起轻松搞定了他们，在冰天王的威胁下得到了开门的密码（またまた ダマダマ，以后会用到），之后来到码头，坐船到五号岛，岛右下有火箭队的基地，使用密码后 …… 门还没有开，原来还少另外一段，只好坐船到了六号小岛和岛上的人谈话后，来到小岛最南部的大门前，用砍树特技将大门打开，在最深处找到一块蓝宝石，但没有密码拿不走这时候火箭队的一个研究员突然到来，抢走蓝宝石，顺便得到了另外一段密码（カブトはとぶか，汗 …… 甚么幺样的密码啊），追到五号小岛上的火箭队基地里（基地里有特殊的球，隐藏的），来到五号小岛上右边的火箭队研究所里，拿回蓝石，来到一号岛屿的 PC 屋里，将找到的蓝宝石交给博士，最后可以到七号小岛！小岛路上山洞里的石头分别推入凹坑里，神秘 PM 安侬就会出现在下面的遗迹里
最后就可以回到花田市，在花田市的左边山洞拦住出口的人现在已经离开，终于可以进入山洞捕捉最强的口袋妖怪超梦了（非常好用）