第一章

主角扎克斯接到任务要抢回被占据的列车，抢回列车后来到列车站，这里要消灭一堆杂兵。这堆杂兵的目的只是让玩家练习一下操作，完全没有难度。清完小兵上楼梯(游戏CG)遇到第一个BOSS，如果遇到MP消耗为0的，狂用冰砸很快就过。原来一开始到现在，

安吉尔（アンジール）出现说要小心。扎克斯一个人自信地以寡敌众，动画过后进入第一场战斗，用任何技能随便乱攻击都能过。把杂兵们解决后看到有不少平民在逃跑，扎克斯跟过去，看见一个BOSS。用火球攻击每下放出3个火球，每个火球能造成100多的伤害，很快就能解决BOSS。本以为任务很简单，动画版最后被杀的那个出现，主角很愕然，但也得战斗。扎克斯完全不是他的对手，安吉尔出手营救。扎克斯的表现实在令人不满，安吉尔马上停止模拟训练。

第二章

回到控制室，遇到拉扎德。他描述月前，吉奈西斯在执行任务的时候无故失踪。扎克斯这次的任务就是去调查事情的来由，也因为这次任务的重要性，扎克斯从原来的第2队晋升到第1队。对话结束后，出门来到图中的“LCD(暂称)”登录个人信息。在背后会出现一个SAVE点，靠近记录点按出菜单选择任务配置。图中的任务配置只有在记录点附近才能选择。进入神罗商会->训练任务>神羅軍 基本訓練，在练习中随便乱杀就能过。出来后，走到图中的支援箱中拿支援品，回到控制室和安吉尔对话后选择“準備OK”后出发。去到五台山 山道，沿路清除小兵。来到五台砦大门前，安吉尔说“等待B队爆破的信号，我们分头行动。你趁混乱，从正门冲进去。”在正门，不断会有小兵出来，留点MP放魔法打城墙上的几个人。当然，不打的话他们自己也会走。进入城门，目的是把里面的所有怪物清掉。走到⑴处的时候，调查图中的旋转门有怪物出来；在⑵处开箱子有怪物；去到⑶处的时候可以选择冲过去或者走另外的路，如果选择另外的路，然后从⑷处过去，敌人的队长会说大事不妙而逃跑，；消灭怪物后从⑷旋转门会走有敌人；在⑸处也有敌人。全部敌人消灭后，任务完成。进入中庭拿两个宝物后记录，正要继续往前走，扎克斯听到一把声音。那个人现身，扎克斯奇怪为什么是一个小孩。继续往前走，进入房间后遇到两个BOSS。注意好自己的HP，要过不难。把两个BOSS消灭后，扎克斯打个电话说任务完成，准备撤退，这时候还有第3个BOSS。扎克斯一刀把它解决，扎克斯靠近BOSS看了看。原来BOSS还没有死，一不留神扎克斯被打得重伤。很老的桥段啊，几乎所有人看见主角要被杀的时候，总会有人出来救。他们完成任务后离开五台砦，和拉扎德会合。回到五台山道，敌人还是穷追不舍。为了护送拉扎德去见萨菲罗斯，安吉尔和扎克斯奋力抗敌。扎克斯把拉扎德安顿好后想去帮安吉尔的忙。这时候，火召唤兽“伊夫里特”出现。用冰魔法打它效果特佳，不一会儿，伊夫里特被打倒。其实BOSS并没有这么容易就被消灭，伊夫里特起来，正要攻击扎克斯的时候，萨菲罗斯出现相救。经过交谈扎克斯知道五台山道上那些蒙面的敌人全部都是失踪的吉奈西斯的复制体。萨菲罗斯追问安吉尔的去向后，萨菲罗斯断定安吉尔是叛徒。试问扎克斯怎么能相信一而再，再而三地救过自己的安吉尔是叛徒的推断呢。

第三章

回到控制室，去支援箱拿了东西后和神羅的首领对话，出发去巴若拉村。经过一段路，遇到机器人BOSS，HP满多的，不过很迟钝。消灭后BOSS，拉扎德发现这村也有吉奈西斯的复制体。走到⑴处也就是安吉尔的家乡，进入⑵处看见安吉尔的母亲。得知吉奈西斯曾经回来过屠村，然后下落不明。儿子安吉尔也回来过，可是只是留下拿把刀就走了，也是下落不明。对于一个战士来说，放下武器等于放下作为战士的尊严，他是否正如萨菲罗斯所说称为叛徒了呢？出门后走不远，又遇到吉奈西斯的复制体，消灭后接到曾的来电，叫扎克斯上悬崖和他会合。来到⑶处和曾对话后,成功侵入仓库。一路来杀几个小兵，其中像左图这样的机器人没有背面，所以靠背击Cri行不通，曾叫扎克斯上2楼。在上面，终于看见公司找了很久的吉奈西斯。而且他还攻击他们的最高领导者曾，扎克斯打算把吉奈西斯制服的时候，安吉尔出现并阻挠。吉奈西斯离开后，安吉尔也追了出去。离开仓库后会遇到**袭击，在**飞到主角面前的时候速度会变慢，而且变成红色，在变色的瞬间按〇砍下去。一共飞来10颗**，连击的次数越高，接下来赶去安吉尔母亲房子的时间越多。**全部过了后，要在限定时间内赶到安吉尔母亲房子。进到房子，看见安吉尔母亲卧倒在地，安吉尔在一旁什么都没有做，也没有任何表情。主角看见这一幕，送了安吉尔一拳并质问他。安吉尔离开，吉奈西斯出现并召唤巴哈姆特，巴哈姆特最强的技能伤害最高不到600，所以控制好自己的HP，用远距离的魔法打它不是很难。战胜巴哈姆特后，吉奈西斯告诉主角，我已经变成了怪物。手一挥，长出黑羽翅膀飞走。而村子就被轰炸机夷为平地，主角看到这募，心理很复杂。

第四章

回到神羅的总部，去地图最下面的楼梯，选择去司令室。萨菲罗斯和拉扎德已经在里面，在五台山的任务中萨菲罗斯表现出色，晋**为第1队的成员。为了准备下一个任务，主角被叫去领取支援物品。拿到支援品后，同时主角可以装备6个宝石和拥有合成宝石的权力。进入控制室，和里面的新人对话。然后回到支援箱的房间和研究员对话，学习合成宝石的知识。一个电话打来，准备出发去进行下一个任务。离开支援箱房间，乘电梯去司令室。这次的任务是去寻找安吉尔，并且铲除他。这时候警报响起，总部被攻击。乘电梯到了49楼突然停了下来，出门看见3个机器人。将其消灭后得知，原来那些机器人是神羅公司为了抵御侵袭者而制造的，但不知道为什么都暴走起来。走到49楼右下角，遇到前面对话的新人卧倒在地，走过去会有防御机器人出现，全部消灭救了那个新人得到奖励。乘电梯去被侵略的地方，看见攻击总部的是神羅自身研发的武器，还有吉奈西斯的复制体。然后进入一场车轮战，最后出来4个武器，不经常攻击，可是全部一起攻击的时候，人物几乎动不了。把握几乎，绕到它们背后用回旋砍，很快就全灭。这时候萨菲罗斯出现，他们分头行动。来到八番街喷水广场，看到塔克斯的成员西斯奈被暴走武器攻击。防御机器人全被清除后，塔克斯小组的人继续任务。向北进入loveless街，看到杰斯奈正被吉奈西斯袭击。进入和吉奈西斯的战斗，因为运气好，遇到杰斯奈后发动D.M.W攻击每一下Cri，接着D.M.W八闪一刀，一下再加几下普通砍就吧他灭了。吉奈西斯被打败想逃，扎克斯没有给他这机会。从杰斯奈那里得到調查課支援室后接到萨菲罗斯打来的电话，赶到伍番魔硄炉，遇到一个从来没有看见过的怪物，把它消灭后发现，怪物的脸正是安吉尔的脸。萨菲罗斯开始叙述他们以前3个人的事，大家可以欣赏一段精彩的打斗CG。说完往事，继续去找安吉尔的下落。萨菲罗斯来到6号门前，可是被锁上了，主角走到最下面，开动机关后回去找萨菲罗斯。两人进入地下隐秘的实验室，在里面发现几个正在制作中的复制体。分别调查桌子上的笔记本和一台机器后和萨菲罗斯对话，得知Project G的事情。也提到以前一次训练中，萨菲罗斯砍伤了吉奈西斯，后来因为某种原因吉奈西斯的伤势恶化。这时候霍兰德博士和吉奈西斯出现，萨菲罗斯让主角去追霍兰德。一路上消灭不少怪物，路上会遇到3个机器人BOSS，只要追着装有炮的一个用回旋砍，另外两个近距离的会走过来。一直用回旋砍，三个一起打，它们几乎没有出招的机会就被虐死。来到无路可走的地方。安吉尔在次出现，这次他秀出天使制翼，展示自己是怪物的身份。因为主角完全没有动手的意思，结果被安吉尔打飞了。