(换Disc2)
    
    ◎剧情转换
    拉古那来到一个小村休养，一天小女孩前来告知酒馆中出现一位奇装异服的人，前往一看发现竟是许久不见的好友启罗斯。
    
    得知启罗斯自从前次跳崖后，躺了个把月，可是拉古那比他更惨，足足躺了将近半年，幸好得到村民的悉心照料才得以痊愈，因此拉古那为了报恩，便每日巡逻村子内外，并一一消灭发现的怪兽。
    
    与启罗斯交谈(选最后一项)离开酒馆到村口一路往下走，沿途宰了不少怪兽，行进一段时间，拉古那会说今日任务结束，就回酒馆二楼见店主后回家休息。
    
    ◎剧情转换
    遭逮捕的一夥人除了主角外都被关在一起，只是艾文尼不知身在何处，不久连女主角也被强行带走！
    
    单独被关的主角则是遭席法尔招待电刑，此时有支蒙巴[Moomba](曾玩过FFⅦ的朋友们是否觉得与其中的[赤兽13]有一些相像呢！)偷偷送食物给赛鲁等人，却被守卫发现并踹了一脚，此时赛鲁挺身相救（选第1项），至于被严刑拷打的主角则是宁死也不愿意说出任何消息（选第1项）在主角被电到晕倒后，此时剧情转回同伴处。
    
    赛鲁、吉斯蒂丝、赛菲为了逃狱将狱警骗进牢房，打倒狱警之后到楼上将两名士兵K倒即可以将武器夺回。
    
    脱出牢房后一路往上走，于途中会发现几支蒙巴，跟着一直往上来到最上层即可以救出主角，之后要分开行动，首先让赛鲁留在第13层，其余则前往第1层，到第1层没多久就听到上方传来枪声，大夥觉得是赛鲁出事连忙赶回，在赛鲁遭典狱长抓住时主角出现解救。
    
    但是脱出此地才是个大问题，因为艾文尼得知这个刑务所位于地底，所以将人马为两组，一组由主角带领往上前进，而另一组则由艾文尼带领往下走。
    
    主角终于来到最顶楼(此处会发生强制战斗)，将敌人打倒后由通道逃出去，进入对面的建筑物中便可与艾文尼等人会合分乘两辆车逃出收容所。
    
    逃出后与同伴商量后，为了阻止魔女使用飞弹摧毁学园，一行人再分为两组，主角搭乘火车返回学园报告，另一组前往飞弹基地阻止飞弹的发射。
    
    进入收容所东边的飞弹基地(顺着公路走，经过魔女所在的城市后就可看到)，进入室内到左边的门前调查门边右侧的读卡机后发现需要ID卡，利用先前在车上捡到的ID卡进入。
    
    到魔女的房间后席法尔再度出现，但打倒席法尔后魔女又跑了！离开魔女的房间往右到大讲堂，再次将席法尔击倒后，会与魔女展开对战(此处可用吸收魔法在魔女身上取得G.F[亚历山大---圣])，战斗后女主角倒了下去….
    
    (换Disc3)
    
    赴保健室探望女主角后，听见吉斯蒂丝广播要主角前往孤儿院━魔女之家，原来是魔女[阿鲁迪米雅]回来了….
    
    到孤儿院见到学园长以及魔女(EDEA)后，得知在这段时间中魔女已被未来世界[阿鲁迪米雅]给支配了…..
    
    要使女主角清醒的话就必须找到[阿鲁迪米雅]，但要如何前往呢？
    
    (剧情转换)
    
    拍戏时拉古那扮演骑士打倒恶龙之角色，可是启罗斯搞来一支真的火龙差点害死拉古那，阻止火龙继续前进后，逃到山下时启罗斯跟过来后可取得武器打倒火龙。
    
    (剧情转换)
    
    主角前往孤儿院询问魔女(EDEA)有关白色种子船的下落，得知白色种子船在孤儿院上方的放射状海湾内。前往白色种子船上交谈后(剧情)返回保健室。
    
    来到车站搭列车前往寻找对魔女有相当研究的欧坦恩博士，下了列车后到达龙骨之山。
    
    走到一半与骷髅龙战斗，打倒后（以回复魔法或回复道具攻击它）往右走调查天空上方会出现一道门，爬上去后搭电梯来到充满高科技的幻梦都市…..
    
    (剧情转换)
    
    拉古那成为囚犯，不但不准说话，甚至连三餐都没的吃，因此拉古那打死了一名士兵再将其它士兵解决后逃出研究所，从欧坦恩博士的助手口中得知，女主角被欧坦恩博士给带到这来了，再进去里面找到欧坦恩博士，但是他却逃之夭夭并坚持不说出女主角的下落，跟着他到外面逼他说出后，得知女主角现在就在博士的研究所，在研究所二楼解开一楼的门禁后，进入一楼的门即可救出女主角。