最佳动作游戏（Best Action Game）：《银河战士 Prime：猎人（Metroid Prime: Hunters ）》（Nintendo）
 
最佳冒险游戏（Best Adventure Game）：《勇者斗恶龙英雄：火箭史莱姆（Dragon Quest Heroes: Rocket Slime）》（Square Enix） 
  
最佳音乐游戏（Best Music Game）：《节拍特工（Elite Beat Agents）》（Nintendo）

最佳益智游戏（Best Puzzle Game）：《俄罗斯方块DS（Tetris DS）》（Nintendo）
 
最佳赛车游戏（Best Racing/Driving Game）：《托尼霍克 极限速降（Tony Hawk?s Downhill Jam）》（Activision）
 
最佳RPG（Best RPG）：《最终幻想III（Final Fantasy III）》（Square Enix）

最佳体育游戏（Best Sports Game）：《大人的高尔夫DS(True Swing Golf)》（ Nintendo）
 
最佳画面效果（Best Graphics Technology）：《银河战士 Prime：猎人（Metroid Prime: Hunters ）》（Nintendo）
 
最佳艺术设计（Best Artistic Design）：《节拍特工（Elite Beat Agents）》（Nintendo） 

最佳原创游戏（Best Original Score）：《恶魔城 废墟肖像（Castlevania: Portrait of Ruin）》（KONAMI）
 
最佳授权音乐（Best Licensed Soundtrack）：《节拍特工（Elite Beat Agents）》（Nintendo）
 
最佳音乐运用（Best Use of Sound）：《电子浮游生物（Electroplankton ）》（Nintendo）
 
最佳剧情（Best Story）：《节拍特工（Elite Beat Agents）》（Nintendo）
 
最佳非联机多人游戏（Best Offline Multiplayer Game）：《炸弹人乐园 触摸（Bomberman Land Touch!）》（Atlus Software）
 
最佳联机游戏（Best Online Game）：《银河战士 Prime：猎人（Metroid Prime: Hunters ）》（Nintendo）
 
最具创意奖（Most Innovative Design）：《节拍特工（Elite Beat Agents）》（Nintendo） 
 
最佳利用第二屏幕奖（Best Use of Second Screen）：《耀西的乐园DS（Yoshi?s Island DS）》（Nintendo）

最佳利用触摸屏奖（Best Use of Touch Screen）：《成人脑力锻炼 每天几分钟锻炼你的大脑（Brain Age: Train Your Brain in Minutes a Day）》（Nintendo）

最佳复兴奖（Best Revival）：《新超级马里奥兄弟（New Super Mario Bros.）》（Nintendo）

叫好不叫座（Best Game No One Played）：《篱笆墙外（Over The Hedge）》（Activision）
 
大事件（Biggest Surprise）：The Gap Continues to Grow

最佳开发者（Best Developer） ：Inis

NDS平台2006年度最佳游戏——

《节拍特工（Elite Beat Agents）》（Nintendo)